بدخشان ٢٩ واحد ادارى دارد  که شامل مرکز و ٢٨ ولسوالى  ميشود.
 
شهر فيض آباد مرکز  بدخشان است . شهر جديد فيض آباد نوتشکيل بوده ، اما شهر کهنۀ فيض آباد سرسبز بوده و صد ها دکان دارد. موجويت يک قصر در داخل درياى کوکچه که از قدامت تاريخى برخوردار است ، بر کهنه بودن اين شهر دلالت ميکند.
 
 
واخان:
 
دورترين و مرتفع ترين ولسوالى بدخشان بوده و با چين و تاجکستان سرحد دارد.
دراين ولسوالى کوهستانى و سرسبز اکثر فاميل هاى قرغز که در گذشته ها از قرغزستان آمده اند، زيست دارند.
واخان داراى دو ساحۀ مشهور بنام پامير کوچک و پامير بزرگ بوده  و بخاطر مرتفع بودن، بنام بام دنيا ياد ميشود.
وقتی از پامیر نام برده ميشود، کوه های سربه فلک آن که در خود حیوانات وحش را جا داده و آهوی مارکوپولو  و اوريال که شهرت جهانى دارد، اذهان را مشغول می سازد.
 
موجوديت اين دو نوع آهو و بازديد سياحان داخلى و خارجى به آنجا، سرسبزى و محيط زيست  خوب آنرا نمايان مى سازد.
 
دروازها:
 
پنج ولسوالى ديگر ولايت بدخشان بنام درواز ها ياد ميشود  که شامل  ماهمی، نُسی، شُکی، کوفاب و خواهان بوده و  با تاجکستان سرحد دارد. درواز ها درشمالشرق فيض آباد واقع بوده و نفوس آن يکصد هزار تن تخمين زده ميشود.
 
درواز ها از جمله ولسوالی های دوردست و صعب العبوربوده و کمتر مردم آن سرک قير را مى شناسند. اهالى منطقه بيش از سه شبانه روز در اسپ ،مرکب ويا پياده دره ها و راه هاى پر خم و پيچ آنرا پيموده و به خاطر انتقال مواد غذايى و ساير نيازمندى ها به فيض آباد مرکز بدخشان مى آيند.
 در فصل زمستان اين راه ها براى شش ماه برروی ساکنین آن بسته می شود وبعد ازشش ماه به کمک وزارت فوایدعامه وسایرنهادها بازميگردد.
درواز ها  ازجمله ولسوالی های سرحدی بوده و  سه ولسوالی آن با تاجکستان ودو ولسوالی ديگرآن با چین سرحد دارد.

 
راغ ها:
راغ ها  شامل ولسوالى هاى  ياوان ، راغستان و کوهستان بوده و با چين سرحد دارد.
 
راغ يا راغستان در شمال شهرفيض آباد واقع است . این ولسوالی در سال ۲۰۰۵ میلادی از ولسوالی «راغ» تشکیل شد وولسوالیهای کوهستان و یاوان نيزمشمول آن گرديد. راغ ها از ولسوالى هاى پُربرف وسرحدى بوده و در يکسال شش ماه در محاصرۀ برف مى باشد.
 
 
کران و منجان:
 
زمانى که ازکران و منجان صحبت ميشود، موجوديت معادن لاجورد در ذهن تداعى ميىشود. لاجورد از جمله سنگ‌های تزئینی است كه به عنوان نگین زیورآلات و تزئین منازل باشكوه، كاربرد دارد
 معدن لاجورد دارای بهترین کیفیت در سطح جهان بوده  و در میان کوههای سربه فلک هندوکش قرار دارد.
مردم بدخشان در گذشته ميگفتند که اين معدن توسط قوماندانان محلى و زورمندان به شکل غير قانونى و معيارى استخراج ميشود و دولت بر آن کنترول ندارد .
به گفتۀ آنها اين سنگ قيمتى به کشورهاى همسايه نيز قاچاق ميشود و لازم است که اين معدن در کنترول دولت در آيد و عوايد آن به خزانۀ دولت واريز شود
 
بهارک:
بهارک (بهارستان)از ولسوالی‌های باستانی،بزرگ ومرکزی  بدخشان است ، تاریخچۀ طولانی داشته و ازلحاظ ترانزیتی یکی از شاهراه های مهم راه ابریشم به شمار ميرود. بهارک فعلاً اکمال کننده مواد خوراکی چندین ولسوالی همجوار می ‌باشد .
 
بهارک از نگاه فرهنگی مهد پرورش علما، شعرا و روحانیون بوده است. برجستگی این ولسوالی در این است که دارای اقوام ، زبان‌، رسم ورواج وعنعنات وحتی اصطلاحات مختلف  بوده که حتی در پوهنتون‌های افغانستان بر اصطلاحات این سرزمین تحقق و بررسی صورت می‌گیرد.
 
از نگاه اقتصادی، اکثر مردم آن، زندگی خود را از طریق زراعت و مالداری، دکانداری  و کسبه‌های دیگر تامين ميکنند.  این ولسوالی از حيث اقلیم، دارای آب وهوای مناسب برای زرع نباتات، حبوبات و میوه‌ بوده و از جمله سیب رخش آن درسطح کشور سر زبان ها است.
 
 شهداء :

ولسوالی شهدا از جملۀ مناطق سرسبز بدخشان بوده ، دارای درختان سرکشیده از چهارمغز، توت، بادام، سیب و انواع میوه ها است وبیشتر فرآورده‌های باغداری آن از اقلام تجارتی و صادراتی خوبی  در افغانستان محسوب می ‌گردد.

بیشتر مردم آن به زراعت و مالدارى مشغول بوده و تجارتهای کوچک نيز در حال شکل گیری است.  
دریای که درین ولسوالی جاری است، از معاونین عمده دریای کوکچه بشمار رفته و آب زلال آن درتمام این ولایت زبانزد همگان است.
 
این ولسوالی متشکل از دو منطقه بنام زردیب و سرغیلان تشکیل یافته که در میان دو کوه مرتفع از سلسله کوهای هندوکش شرقی اخذ موقعيت نموده‌است. مردم محل به زبان دری-فارسی صحبت نموده از لحاظ تباری تاجک اند. بافت قبیلوی این محل محکم بوده و در حقیقت همه مربوط به یک خانواده وسیع میباشند.
 
جُرم :
 
ولسوالى جُرم درجنوبشرق شهرفيض آباد واقع است وبخشهايى ازين ولسوالى درسالهاى اخيرشاهد يك رشته فعاليت هاى مخالفان مسلح نيز بوده، اما حالا وضعيت آن آرام است.
 
بلندترین قُلۀ هندوکش با ارتفاع ۶۷۲۹ متر در این ولسوالی قرار دارد و اين ولسوالى دارای دره هاى بزرگ و سرسبز به شمول فِرغامِنج، کیب، کیتِب، الریب، فِرغامرو، خوستَک و اسکان است.
 
  خاش :
 
اين ولسوالى در شرق فيض آباد موقعيت دارد. در سال ۲۰۰۵ میلادی از ولسوالی جرم جدا شده و فعلاً به حيث ولسوالى مستقل عرض اندام كرده است .
 
  یفتل پايين:
 
در شمال فيض آباد واقع است و جمعاً 93 قريه دارد . در گذشته ها يفتلى ها از همين محل در افغانستان حکومت مى نمودند.
 
يفتل با داشتن آب وهوای مناسب در فصل بهار؛ تابستان وخزان، بستر خوبی برای کشت سبزیجات نيز است وانواع سبزیجات ،محصول خوب میدهد . اين محصولات را  بامیه ،بادنجان رومی ،شلغم ،کچا =لو ؛ پیاز ؛ گلپی ؛ کرم ؛ گندنه  ؛ خربوزه ؛ تربوز ؛ بادرنگ ؛ کدو ؛ مرچ ؛ ترايی ؛ پالک ؛ گشنیز ؛ کاهو ؛ پودینه و نعناع  تشکيل ميدهد.
 
کشم :
 
در جنوبغرب شهرفيض آباد واقع است . از غرب به ولسوالیهای فرخار وکلفگان ولایت تخار، از جنوب به ولسوالی تگاب کشم واز شمال به دریای کوکچه پيوست است.
 
کمتر ولسوالى هاى بدخشان از نظر زیبايی و سرسبزى به پاى اين ولسوالى ميرسند.
 محصولات عمدۀ آن شالی(برنج) بوده  واز لحاظ اقتصادی نسبت به ساير ولسوالى ها درسطح بهتری قرار دارد. زمین های هموار؛ کشت دوفصله نباتات ؛ کشت برنج ؛ ارتباطات ونزدیکی با ولایت تخار ؛ شاهراه قیر؛  سطح بلند سواد ؛ آگاهی بلند و... همه وهمه کشم را با اکثر ولسوالیهای بدخشان متمایز گردانیده است .
 
ارگو:
 
 در نزديکى و غرب شهر فيض آباد واقع بوده و در سال ۲۰۰۵ میلادی از فیض‌آباد جدا شده است.
ازنگاه موقعيت جغرافياى حيثيت سوق الجيشى هفت ولسوالى ديگر بوده  و آب هواى گوارا دارد.
 
ارگوزمستان بسيار سردوپُربرف ،بهارزيبا وتابستان معتدل ومملوازميوه ،نباتات طبى وطبيعى وآب شفاف فراوان آشاميدنى وزراعتى دارد.
 
  درایم:
 
در شمالغرب فیض‌آباد ودر امتداد یک درهٔ هموار و در میان رشته کوه‌ها و کوه‌ بچه‌ هایی خالی واقع است.
 این ولسوالى داراى زمین نرم و بیشتر تپه‌ها و مناطق آن کشت للمی می‌شود. در بهار و تابستان منظرهٔ دلپذیری دارد. باغ‌هاى انبوه، دریای نسبتاً خروشان و منطقهٔ سر سبز دارد.قسمت‌های وسط درایم دارای زمین‌های آبی و حاصلخیز است. مردم آن مشغول زراعت و مالدارى است.
 
 رونق تمدن و دانش در اینجا نسبت به ساير نقاط بدخشان بيشتر بوده و اکثر مردم آن به متون کلاسیک دینی دسترسی دارند.
 
 مردم بالای درایم به زبان دری تاجکی مردم پایان درایم به زبان ازبکی تکلم ميکنند.امتداد آن از جنوبشرق از دریای کوکچه آغاز گردیده و نهایت آن به سرحد ولسوالی جرم در رشته کوه‌های هندوکش میرسد. 
 
در مجموع همۀ بدخشان به جز از ولسوالى وردوج از امنيت و آرامى برخوردار است. 
 
صرف درين ولسوالى مخالفان مسلح نفوذ نموده و در سال جارى ١٣٩٢ بارها جنگ هاى خونين بخصوص در وردوج بين نيروهاى دولتى و طالبان به وقوع پيوسته و بيش از يکصد کشته و مجروح از طرفين درگير بر جا مانده است.
 
وردوج درفاصله ۵۰ کیلومتری شمال شهرفیض آباد واقع بوده و ازلحاظ موقعيت جغرافيایی باولایات   نورستان، پنجشیروازطریق کوتل چترال باوزيرستان شمالی نیز راه دارد.