کميسيون شکايات انتخاباتی؛ يک نهاد مستقل افغانی می باشد که براساس ماده ۲۸ قانون انتخابات، جهت تصميم گيری در مورد تمام اعتراضات و شکايات مربوط به پروسۀ انتخابات ايجاد شده است.
اين کمیسیون، برای اولین بار در سال ۱۳۸۴ هجری شمسی جهت رسیدگی به شکایات انتخابات ولسی جرگه و شوراهای ولایتی، منحیث یک نهاد مؤقت و یک بخش از (JEMB) ایجاد شد. همچنان در سال ۱۳۸۸ و ۱۳۸۹ به منظور رسیدگی به شکایات انتخاباتى ریاست جمهوری و شوراهای ولایتی و انتخابات ولسی جرگه،  طور موقت و مستقل شکل گرفت. قبل از تصویب قانون تشکیل، وظایف و صلاحیت های انتخاباتی، در سال ۱۳۹۲ کمیسیون شکایات انتخاباتی به شکل موقت و مستقل ایجاد گردیده و بعد از ختم پروسه رسیدگی به شکایات انتخاباتی، ملغی گردید. 
بعد از توشیح قانون انتخابات و قانون تشکیل، وظایف و صلاحیت های کمیسیون انتخابات و کمیسیون شکایات انتخاباتی در سال ۱۳۹۲ هجری شمسی، توسط رئیس جمهور حامد کرزی، کمیسیون فعلی شکایات انتخاباتی، به حیث یک نهاد مستقل و دایمی به منظور رسیدگی به اعتراضات و شکایات انتخاباتی ایجاد شد.
پس از کشمکش‫های انتخابات سال ۱۳۹۳ هجری شمسی حکومت، اعضای شورای ملی و نهادهای جامعه مدنی سعی نمودند تا اصلاحات انتخاباتی را به میان آورند. در پاسخ به این تلاشها، حکومت وحدت ملی افغانستان، کمیسیون خاص اصلاحات انتخاباتی را به منظور آوردن اصلاحات ضروری و بنیادی درون نهادی و بصورت کل در امور انتخابات به وجود آورد که سرانجام این کمیسیون، با در نظر داشت تجارب و مطالعه کاستی هايی که در انتخابات گذشته وجود داشت، پیشنهاداتی را به حکومت ارائه نمود، که سرانجام حکومت، مبتنی بر این پیشنهادات به تغییر قانون انتخابات پرداخت؛ تا بالاخره، قانون جدید انتخابات بر اساس فرمان تقنینی شماره (۱۰۵) رئیس جمهوری اسلامی افغانستان در تاریخ ۱۳۹۵/۱۱/۶ توشیح و نافذ گردید.
بر اساس ماده ۲۸ قانون انتخابات، کمیسیون شکایات انتخاباتی به منظور رسیدگی به اعتراضات و شکایات ناشی از تخطی، تخلف و شناسایی جرایم مربوط به انتخابات، ایجاد گردیده است. این کمیسیون منحیث یک نهاد دائمی، دارای پنج عضو می باشد.
بر اساس ماده ۲۹ قانون انتخابات، به منظور تامین شفافیت بیشتر در رسیدگی به اعتراضات و شکایات ناشی از تخطی  و تخلف انتخاباتی، جکومت می تواند در تفاهم با سازمان ملل متحد، دو تن از متخصصین بین المللی امور انتخابات را به عضویت کمیسیون مرکزی شکایات بدون حق رای تعیین نماید.
بر اساس ماده ۳۱ قانون انتخابات، به منظور رسیدگی به اعتراضات و شکایات ناشی از تخطی، تخلف و جرایم مربوط به انتخابات، کمیسیون های ولایتی شکایات، یک ماه قبل از ثبت نام کاندیدان ایجاد می گردد. اين کمیسیون ها متشکل از سه عضو است، که دو عضو آن با نظرداشت ترکیب جنسیتی، از طرف کمیسیون مرکزی شکایات و یک عضو آن از طرف کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان با منظوری رئيس جمهور، مقرر می گردند.
 
مأموریت این کمیسیون:
کمیسیون شکایات انتخاباتی مطابق به قوانین نافذۀ کشور، به منظور تامین عدالت و شفافیت در جریان انتخابات، دفاع از حقوق کاندیدان و رأی دهندگان از طریق رسیدگی به اعتراضات و شکایات ناشی از تخطی ها، تخلفات و جرایم انتخاباتی ایجاد و تأسیس گردیده است. این کمیسیون به طور دوامدار، برای تحکيم و تعميم ديموکراسی از طريق ايجاد فضای اعتماد، بلند بردن سطح مشارکت ملی و نھادينه شدن انتخابات منظم و معياری، در کشور فعالیت می کند.
 
صلاحیت ها:
کمیسیون شکایات انتخاباتی در مرکز و ولایات، مطابق ماده ۳۰ قانون انتخابات، دارای صلاحیت های ذیل می باشد:
۱- رسیدگی به موارد اعتراض بر فهرست کاندیدان و رأی دهندگان و شرایط و اوصاف کاندیدانی که در جریان انتخابات مطرح می شوند؛
۲- رسیدگی به شکایات ناشی از تخلفات انتخاباتی؛ مشروط بر اینکه شکایت مطابق احکام این قانون در زمان معینه آن ثبت گردیده باشد؛
۳- صدور توصیه، اخطار و دستور به اقدام اصلاحی به شخص یا اداره ای که مرتکب تخلف گردیده است؛
۴- وضع جریمه های نقدی حسب احوال مطابق احکام قانون انتخابات؛
۵- صدور دستور در مورد شمارش مجدد آراء در مراکز رأی دهی مشخص، قبل از اعلام نتایج انتخابات؛
۶- بی اعتبار شناختن اوراق رأی دهی فاقد شرایط لازم؛
همچنان در این ماده تصریح شده که کمیسیون مرکزی یا ولایتی شکایات، در صورتی کاندیدا را از فهرست نهایی کاندیدان خذف کرده می تواند که به رویت اسناد معتبر ثابت گردد که مطابق احکام اين قانون، واجد شرایط کاندید شدن نبوده است. قابل یادآوری است که طبق صراحت ماده (۹۷) قانون انتخابات، شناسایی جرایم انتخاباتی و ارجاع آن به ارگان های عدلی و قضایی، از صلاحیت های کمیسیون شکایات انتخاباتی می باشد.
تصامیم این کمیسیون در ارتباط به منازعات ناشی از تخطی ها، تخلفات و جرایم انتخاباتی، در دو مرحله ولایتی و مرکزی اتخاذ میگردد. طبق ماده (۹۳) قانون انتخابات، تصامیم کمیسیون مرکزی، منحیث عالی ترین مرجع رسیدگی به قضایای انتخاباتی، نهایی تلقی گردیده و هیچ مرجع دیگر داخلی یا خارجی، نمی تواند قضایای انتخاباتی را از دایرۀ صلاحیت این کمیسیون خارج کند.
هر شخص و سازمان که نفع مشروع در انتخابات داشته باشد و ادعا دارد که تخطی از قانون انتخابات در جريان پروسه انتخاباتی صورت گرفته است، حق درج شکايت در کميسيون شکايات انتخاباتی و دفاتر ولايتی کميسيون شکايات انتخاباتی را دارد. اين حق شامل حال تمام رای دهنده گان و نماينده گان کانديدان نيز ميشود؛ کميسيون شکايات انتخاباتی، از کميسيون مستقل انتخابات جدا و مستقل ميباشد.
 
ادرس ویب سایت: /http://iecc.gov.af/fa
ادرس صفحه فیسبوک: /https://www.facebook.com/iecc.af